Si el efluente llega a los cursos de agua, la gran concentración de macronutrientes como el fósforo y el nitrógeno revisten un problema de contaminación para las aguas superficiales. La excesiva acumulación de estos nutrientes en los cursos de agua genera problemas de eutrofización. A su vez, las bacterias que llegan a los cuerpos de agua con el efluente pueden generar riesgos sanitarios.